北京农学院的建校基础是创建于1956年的河北通县农业学校。在北京农业学校合并的基础上，1978年正式成立北京农学院。在2003年，北京农学院获得硕士学位授予权，至今开展研究生教育多年。

为了提高学校的整体实力以及学校学科调整，2017年开始，北京农学院停止专科层次的招生计划。目前拥有3个本科专业，11个一级学术型硕士点，7类专业硕士学位授权点。