人类补完计划具体是指：一个人，总有很多不完美的地方，例如这个人会讲法语但不一定会讲英语，那个人会讲英语但不一定讲得好法语，因此，完美的人不存在，人也不能得到绝对的幸福。

而为了到达完美的境界，得到最大的幸福，人类补完计划展开了。这个计划的原理是，让大家回归最原始的状态，也就是原本的生命（剧场版中，最后不是大家都变成一堆液体了，就是那些），这些原本的生命（那些液体）汇在一起融在一起，成为一体，化为生命之海（最后真嗣和明日香对着的那个大海）。

因为化为一体以后，大家就没有不足，大家都变得完美，大家的长处补完了别人的短处，而自己的短处又被别人补完，成为完美，得到幸福。这就是人类补完计划。可是，真嗣和明日香并没有补完，只有这两个被遗留了下来。